Герард Кремер (Меркатор) родился 5 марта 1512 г., в городке Руппельмонде, во Фландрии (совр. Бельгия) в семье мелкого ремесленника и крестьянина и был седьмым ребенком в семье. Семья переехала в Нидерланды из Германии незадолго до его рождения в надежде улучшить материальное положение. Там жил дядя Герарда, священник Гизберт Кремер. Когда мальчику исполнилось 14 или 15 лет, его отец умер и именно дядя занялся его воспитанием. Он заметил способности подростка и определил его в шестилетнюю гимназию. Помимо христианского вероучения там преподавались латынь, греческий, логика и диалектика. Вероятно, в годы учебы Герард и латинизировал свою фамилию, изменив ее на Меркатор (торговец – на латыни, Кремер – торговец на немецком яз.).
В 1530 г. Меркатор поступил в Католический университет г. Лёвена на факультет свободных искусств. Там изучались грамматика, риторика, геометрия, астрономия и теория музыки. Уже в те годы у Меркатора проявился особый интерес к географии, он изучал труды древних ученых, стремясь понять устройство мира. Впоследствии он писал: «Когда я изучал философию, мне страшно нравилось изучение природы, потому что она дает объяснение причин всех вещей, но я обратился лишь к частному вопросу – к изучению устройства мира.
После окончания университета в 1532 г. он не возвратился в Руппельмонде, а решил продолжить образование и приступил к самостоятельному изучению математики. Он посещал лекции выдающегося фламандского математика и картографа Геммы Фризиуса. Под его руководством углубил познания в геометрии и астрономии, изучил приемы геодезических съемок, стал прекрасным каллиграфом. В это же время он овладел гравировальным мастерством, что особо важно, т.к. карты в то время создавались способом гравюры на меди. Кроме того, он научился изготавливать научные инструменты – астролябии, армиллярные сферы, и глобусы.